1955年5月28日，医院正式成立，院址设于南关正街，占地53.88亩、病床50余张，职工74人，是全国最早建立的省会城市中医医院之一。昔年长安十大名医沈凡白、麻瑞庭等齐聚于此，在建院初期的西安市中医医院初绽杏林之光，享誉三秦大地。

1958年11月，西安市第七医院并入，医院同时成为西安市第二医学院教学医院。合并后病床增至250张，职工达到331人，门诊量日均人次翻倍增长，最高达1158人次。

1965年8月，西安市政府决定，医院与红十字会医院院址对换，即由南关正街迁至东大街，住院部设在东大街183号（原红十字会医院院址），门诊部设在东大街282号（原大同医院院址），占地53.975亩。

1991年4月，新建七层内科病房大楼落成，医院床位增加至500张，硬件条件实现质的提升，为诊疗能力突破奠定基础。

1994年，医院凭借规范的管理与突出的中医特色，获批“全国示范中医医院”。

1996年，医院成功获评“三级甲等中医医院”，床位同步扩张至600张，医院完成第一次跨越式发展。

1998年，医院荣获“全国百佳医院”称号，综合实力再上新台阶。

2015年3月，医院由西安市东大街整体搬迁至西安市凤城八路69号。新院占地100亩，建筑面积99572平方米，开放床位1000余张，硬件设施与诊疗环境全面升级。搬迁后，2016年门诊量较2014年增长40.29%，出院病人数增长50.64%，医疗服务能力与辐射范围显著扩大，医院实现第二次跨越式发展，迈入现代化中医医院发展新阶段。

2017年，经批准设立西安市中医药研究院，下设文献情报研究所，建成基础研究实验室3个，临床研究实验室2个，陕西省中医药管理局中医药重点研究室建设项目8个，真实世界临床研究分中心3个，7个专业获批国家级临床试验基地。

2020年9月，医院南院区项目正式开工，规划用地120.7亩，建筑面积139133㎡，总投资约13.476亿元，设置床位700张，建成使用后医院中医药优质资源将进一步扩容。

2022年5月，医院曲江院区投入试运行，同年8月9日全面开诊，院区建筑面积18879㎡，编制床位300张。院本部、曲江院区、南院区形成“一院三区”发展新格局，标志着医院在规模化、精细化发展道路上完成第三次跨越式发展。

2025年，是医院建院70周年，也是医院整体北迁十周年，医院喜获“全国健康卫生系统先进集体”。历经七十年的薪火相传，医院已经发展成为中医特色突出、综合实力雄厚的三级甲等中医医院，年服务门急诊超过160万人次，出院人数近7万人次。医院将始终坚持中医药特色办院方向，聚力中医药优质医疗资源扩容，打造“一院三区”发展新格局，在高质量发展建设中发轫远航。