木香—黄连为治疗湿热痢疾的常用方“香连丸”的主药。黄连苦，寒，归心、脾、胃、肝、胆、大肠经，功效清热燥湿、泻火解毒，用于湿热泻痢、湿热痞满、多种脏腑实热证及热毒内蕴证。黄连苦燥寒降之性强，适宜于多种湿热病症。尤善清泻中焦、大肠湿热，为“治泻痢要药”。木香善行大肠气滞、止痛。

《中国药典》收录的香连丸为黄连（吴茱萸制）与木香4∶1。本方黄连苦寒，清热燥湿，解肠中热毒，为治湿热痢之本，其与吴茱萸同炒，乃取吴茱萸辛热开郁之力，使气机通达，郁结得散，并制黄连苦寒，使其清热燥湿而无凉遏之弊。湿热痢疾为湿热壅滞肠中，与气血瘀滞相击而成，故配木香行气散滞，使气行血活，积滞得解，则里急后重自解。综合全方，有清热燥湿、行气散滞之效，用于大肠湿热所致的痢疾，症见大便脓血、里急后重、发热腹痛；肠炎、细菌性痢疾见上述证候者。

现代研究黄连的化学成分丰富,包括生物碱类、木脂素类、黄酮类及酸性成分等,其中尤以生物碱类中小檗碱的研究报道较多。黄连的药理作用广泛,对多种疾病的治疗均有很大价值,其可通过不同的途径和作用靶点起到抗病原微生物、抗炎、保护心脑血管、抗肿瘤、降血糖以及改善消化系统等药理作用。

与木香—秦皮药对比较，因黄连苦寒之性强于秦皮，故木香—黄连药对用于湿热较重之下利，此时也可与秦皮合用（木香—黄连—秦皮）进一步增强清热止痢之效。