秦皮苦、涩，寒，归大肠、肝、胆经。功效清热燥湿、止痢、止带、清肝明目，主入大肠以清热燥湿，常用于治疗湿热泻痢或热毒痢。木香又入大肠经，善行大肠气滞，为治疗湿热泻痢之常用药，治疗湿热痢疾的名方“芍药汤”内就有木香，有“行气则后重自除”之意。黄师常将木香、秦皮二药相配，用于治疗大便粘滞、排便不畅、肛门下坠等下焦湿热等症。因脾虚可生湿，湿日久可化热，故脾胃虚弱之人常兼有下焦湿热的症状，此药对在临床上常用。

现代药理学研究秦皮有抗病原微生物、抗病毒、抗炎镇痛等作用，可用于治疗感染性疾病、关节炎等，多为学者用秦皮联合其他中药治疗溃疡性结肠炎、放射性肠炎等疾病取得疗效。由前文可知木香亦可发挥抗病原微生物的作用，二药共有的抑菌作用可能为治疗下焦湿热症状的部分原因。